Le blog de Bernard Gensane

EPIDÉMIOLOGIE DU SARS-COV-2 DANS UNE POPULATION VACCINÉE ET IMPLICATIONS POUR LE CONTRÔLE D’UN REBOND AUTOMNAL

Dernière mise à jour le 6 septembre 2021

En juin 2021, nous avions étudié comment la vaccination partielle de la population française pourrait changer l’épidémiologie du SARS-CoV-2 et avions exploré les implications pour le contrôle d’un possible rebond épidémique durant l’automne 2021. Nous présentons une mise à jour de ce travail prenant notamment en compte les changements suivants :

1. La couverture vaccinale a atteint des niveaux supérieurs aux hypothèses faites en juin ;
2. Les dynamiques observées cet été ont confirmé la très haute transmissibilité du variant Delta ;
3. De nouvelles données suggèrent que, même si les vaccins restent très efficaces contre les formes sévères, la protection vaccinale contre l’infection diminue pour le variant Delta.
4. Le variant Delta donne lieu à des formes plus sévères.
    

Dans notre nouveau scénario de référence, nous faisons l’hypothèse que le nombre de reproduction de base R0 est égal à 5 (contre R0=4 dans l’analyse de juin), que le risque d’hospitalisation augmente de 50% pour les personnes infectées par le variant Delta et que la vaccination diminue le risque d’infection de 60% pour le variant Delta (contre 80% dans l’analyse de juin). Par ailleurs, nous faisons l’hypothèse d’une couverture vaccinale de 70% chez les 12-17 ans, 80% chez les 18-59 ans et 90% chez les plus de 60 ans (contre 30%-70%-90% dans l’analyse de juin). Nous continuons à faire l’hypothèse que la vaccination réduit le risque d’hospitalisation de 95% et le risque de transmission si une personne vaccinée est infectée de 50%.
 

Les principaux résultats de l’étude sont que :

• Les adultes non-vaccinés contribuent de façon importante à la pression sur l’hôpital. Dans notre scénario de référence, les personnes non-vaccinées de plus de 60 ans représentent 3% de la population mais 43% des hospitalisations. Il est essentiel que la couverture vaccinale chez les plus fragiles soit aussi haute que possible.
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• Les personnes non-vaccinées contribuent de façon disproportionnée à la transmission. Des mesures de contrôle ciblant cette population pourraient maximiser le contrôle de l’épidémie tout en minimisant l’impact sociétal par rapport à des mesures non ciblées.
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• Avec le variant Delta, les personnes vaccinées sont moins bien protégées contre l’infection, même si la protection reste très élevée contre les formes graves. Par ailleurs, plus la population est vaccinée, plus la proportion de vaccinés parmi les cas augmente. Dans notre scénario de référence, on s’attend à ce qu’à peu près la moitié des infections aient lieu chez des personnes vaccinées (alors que ce groupe représente plus de 70% de la population). Il est donc important que les personnes vaccinées continuent à respecter les gestes barrières et porter un masque pour se protéger de l’infection et éviter de contaminer leurs proches.
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• Nous nous attendons à ce qu’un tiers des infections ait lieu chez les enfants et adolescents (contre près de la moitié dans nos estimations de juin). Ceci tient à la part relative plus importante des infections chez les adultes du fait de la baisse de l’efficacité vaccinale contre l’infection avec le variant delta, et à la proportion plus élevée d’adolescents qui se sont vaccinés comparativement aux hypothèses de la simulation de juin.
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• Etant donné les caractéristiques du variant Delta, l’arrêt de toutes mesures de contrôle pourrait conduire à un stress important sur le système de santé. Il est donc important que les efforts actuels pour limiter la transmission soient maintenus. Grâce à la vaccination, l’intensité des mesures nécessaires pour que les hospitalisations restent à des niveaux gérables devrait être moindre que ce qu’il fallait avant la campagne de vaccination. Alors que les confinements en 2020 ont réduit les taux de transmission de 70-80%, des réductions de 20-30% pourraient maintenant suffire pour fortement réduire l’impact sur le système de santé. Ces réductions pourraient potentiellement être obtenues en appliquant les gestes barrières, le port du masque, un certain degré de distanciation physique, le Tester-Tracer-Isoler et le pass sanitaire. Par ailleurs, l’augmentation de la couverture vaccinale peut également réduire l’impact sanitaire du SARS-CoV-2. Il faut rester vigilant face à toute dégradation de la situation.

Pour en savoir plus :

• Analyse de Septembre: Paolo Bosetti, Cécile Tran Kiem, Alessio Andronico, Vittoria Colizza, Yazdan Yazdanpanah, Arnaud Fontanet, Daniel Benamouzig, Simon Cauchemez Epidemiology and control of SARS-CoV-2 epidemics in partially vaccinated populations: a modeling study applied to France, HAL Pasteur (Septembre 2021) https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03272638v2 ou en cliquant ici
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• Analyse de Juin: Paolo Bosetti, Cécile Tran Kiem, Alessio Andronico, Vittoria Colizza, Yazdan Yazdanpanah, Arnaud Fontanet, Daniel Benamouzig, Simon Cauchemez Epidemiology and control of SARS-CoV-2 epidemics in partially vaccinated populations: a modeling study applied to France, HAL Pasteur (Juin 2021) https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03272638v1 ou en cliquant ici

Mon vieil ami Benoit Vitse a récemment raconté dans son blog une séance de signatures dont il fut le héros.

J'étais assis avec mes livres sur la petite table en bois et j'attendais. A la Maison de la Presse on ne se pressait pas. Comme je n'avais pas trop de clients, la direction m'apporta gentiment un café. Devant moi s'étalait en grosses lettres la une du journal local : « Il porte plainte contre Léon le paon ». Et en page 3 : « Un habitant veut faire taire Léon ; les propriétaires du paon contre-attaquent. » Certes on comprend l'émotion que peut susciter un tel événement, mais j'étais quand même surpris de constater que le journal se vendait vite, au point qu'il a fallu rapidement réapprovisionner le casier. 

Un monsieur, me voyant si seul, face à tous ces titres de la presse, vient me voir.

• C'est vous que vous l'avez écrit ?

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• Oui, enfin celui-là, oui. L'autre, je l'ai traduit.

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• Moi, des livres, j'en ai sur ma table de nuit que je sais plus où mettre ma lampe. Alors, je vais pas en reprendre encore, vous comprenez.

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• Je comprends.

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« On ne peut pas mettre une ficelle autour du bec de Léon ; ce n'est pas possible, on est à la campagne ! »

« Je vous rappelle que le paon est un animal exotique, qu'il vit dans les forêts d'Asie du sud, en Inde et au Sri Lanka et qu'il n'a pas sa place dans une ferme ou une basse-cour française. »

De mon côté, j'ai tout de même eu la visite de quelques acheteurs de mon bouquin, qui sont repartis avec leurs dédicaces. Je me suis appliqué. J'ai soigné mes premières dédicaces. J'étais plus impressionnés que les gens qui m'achetaient le livre. 

Une dame est venue me trouver, me croyant vendeur du magasin, pour me demander si je savais pourquoi la semaine précédente il n'y avait pas le programme-télé dans le Courrier Picard. Franchement, je n'en savais rien et j'en étais désolé. 

• Bon, je vous demander à la vendeuse là-bas, elle a l'air plus dégourdie.

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« La nuit, il braille tout le temps, toutes les sept minutes, j'ai calculé. Dès que les jours augmentent, en mars-avril, il gueule tout le temps et il se calme au début de l'été. »

« La nuit, c'est uniquement le temps de l'accouplement, jusqu'au 21 juin. Et puis, il crie un coup et c'est tout. Il crie aussi quand une voiture passe, mais c'est nettement moins pénible qu'un chien qui aboie sans arrêts ! »

• Vous pouvez me faire une dédicace qui ne serait pas pour moi ?

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• Bien sûr.

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• C'est pour un copain, Lucien. Lui, il ne viendrait pas, alors j'y vais pour lui. Parce que moi, je ne lis pas et lui, il ne se déplace pas, alors on se débrouille. 

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• « A Lucien, avec toute ma sympathie pour ce lointain lecteur ».

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« Les sons et les odeurs font désormais partie du patrimoine commun de la nation, au cas où vous ne sauriez pas. Et puis, à part lui, j'ai tout le village avec moi. »

« Je serai peut-être appelé à le faire abattre, pas par moi, mais par un ami chasseur. Et qu'on ne me dise pas que je n'ai pas le droit, je suis justement dans mon droit. »

« Quand on n'aime pas les bruits de la campagne, on va ailleurs. »

« C'est faux que je n'aime pas la campagne, c'est moi qui a décidé de vivre ici. Mais pour moi la campagne, c'est le calme. »

Ma petite entreprise, à côté de ces grands drames passionnels, n'a pas connu la crise néanmoins : j'ai vendu cinq livres, ce qui n'est pas si mal pour un débutant. Et au moment où je remballais et qu'on vendait les 253ème exemplaires du type qui porte plainte contre Léon, une femme élégante se précipite vers moi :

• Ma copine a acheté ce livre, je le veux absolument.

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• Mais madame, le client est roi. 

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Et je suis sorti de la Maison de la Presse en me pavanant comme un paon.

Pour la première fois de ma vie, j’ai assisté à une rixe, brève mais très violente, au pied de la Cité administrative de Lyon, au petit matin.

Á 10 mètres de moi, quatre jeunes hommes de type somalien ou éthiopien, discutaient de manière véhémente dans leur langue. Les quatre étaient armés d’un couteau. Soudain, six autres individus, arrivant de nulle part, également armés d’un couteau, se jetèrent sur eux. Les échanges furent brefs, quelques coups de couteaux parvinrent à destination, un peu de sang fut répandu, l’un des jeunes hommes s’écroula par terre et fut frappé violemment à la tête à coups de pied par l'un des ses adversaires. J’ai encore dans l’oreille le bruit sourd du choc d’une chaussure contre une figure. Heureusement, je ne les intéressais nullement, pas plus que deux ou trois Lyonnais qui attendaient leur autobus.

La rixe cessa aussi rapidement qu’elle avait commencé. Les deux camps se séparèrent. Quelques secondes plus tard, un individu arriva rapidement à scooter sur le trottoir en me frôlant et balança ce qui me sembla être de l’eau de Javel à la figure d’un de ses antagonistes qui hurla. Il disparut aux commandes de son engin, vraisemblablement “ emprunté ”, à moins que le RSA ait été fortement augmenté récemment.

Je n’ai naturellement rien compris aux enjeux de cette rixe qui a duré au maximum dix secondes, même si les combattants s’invectivaient en français, ce qui signifiait qu’ils n’étaient pas de la même origine.

Les pouvoirs publics, certains média bien-pensants et, naturellement, l’Union européenne, nous apitoient régulièrement sur le sort de « mineurs », perdus en Europe et qu’il convient de protéger. Pour 90%, il ne s’agit pas de mineurs. Je peux assurer qu’au métro Guillotière, l’âge moyen de la faune qui se livre à des trafics en tous genres est largement de 35 ans. Nous avons affaire à des centaines de milliers d’hommes, généralement seuls, qui tentent leur chance en Europe sans la trouver et qui tombent très vite dans la violence, l’illégalité, la marginalité. Un conseiller de l’ancienne municipalité me disait il y a quelques années que le nombre d’individus d’origine extra-communautaire en situation illégale dans le Grand Lyon devait avoisiner les 100 000. 10 000 d’entre eux avaient sombré dans la délinquance.

Je viens d’en croiser une dizaine.

Repris du site La Sellette

Toulouse, chambre des comparutions immédiates, octobre 2020

Un Tunisien à peine majeur comparaît dans le box. Au cours d’un contrôle d’identité, les policiers se rendent compte qu’il est sous le coup d’une interdiction du territoire national de cinq ans. Il aurait dû être expulsé à la suite de son passage au centre de rétention administrative.

La présidente lit d’une voix morne son casier judiciaire : trois mois de prison pour vente de stupéfiants ; vol aggravé ; violence à l’entrée d’un local administratif. Pour le reste – sa vie, ses projets, la personne qu’il est, toutes ces choses paraît-il nécessaires à la personnalisation de la peine –, on saura seulement qu’il travaille au noir dans le bâtiment et qu’il vit en squat. L’enquête de personnalité « ne révèle pas grand-chose », pour ne pas dire rien.

L’interprète traduit les explications du prévenu – elles sont fort brèves : à sa sortie de prison, le confinement l’a empêché d’organiser son départ. Par sa voix, il supplie la présidente de lui accorder les deux jours dont il a besoin pour récupérer son passeport et préparer son retour en Tunisie. Dans un dernier effort pour faire comprendre sa situation, il conclut lui-même en français : « Ça fait trois jours que je n’ai pas mangé. » La présidente note, placide : « Il a reconnu, donc. »

Le procureur demande six mois de prison avec maintien en détention.

La défense non plus n’a pas envie d’y passer la nuit : elle se borne à signaler qu’« il ne faut pas ajouter de la misère à une situation déjà misérable » et s’en remet platement au tribunal « pour ne pas alourdir outre mesure le casier de ce garçon ».

Les juges délibèrent en un éclair : cinq mois de prison et maintien en détention. Rondement menée, l’audience a duré dix minutes : deux minutes par mois de prison.